Хуан Фернандо Кинтеро Паниагуа родился 18 января 1993 года в Медельине. В ранней юности был зачислен в молодёжную академию клуба "Энвигадо", где прошёл все стадии обучения, и уже в 2009-м году подписал свой первый профессиональный контракт.

Тренеры первой команды "Энвигадо" не боялись доверять 16-летнему пареньку место в основном составе. В 2012-м году перспективного атакующего полузащитника удалось ведущему колумбийскому клубу "Атлетико Насьональ", однако он отыграл за него всего полгода, после чего отправился в Европу - колумбийца арендовала, а впоследствии выкупила итальянская "Пескара" за 3 миллиона евро. Кинтеро отыграл один сезон в Серии А, не сумев помочь "Пескаре" сохранить прописку в элитной итальянской лиге. Зато "дельфинам" удалось выгодно его продать, выручив 10 миллионов евро, которые за Хуана уплатил португальский "Порту".

"Порту" умеет раскрывать таланты, однако в случае с Кинтеро получилось исключение из правил - за 2 сезона молодой колумбиец так и не сумел стать основным игроком "драконов", хотя тренеры предоставляли немало шансов ему для того чтобы проявить себя. Поэтому португальскому клубу пришлось искать для парня варианты с арендами. Сезон 2015/2016 он провёл во французском "Ренне", но отыграл там всего 14 матчей, из которых только два сыграл полностью.

В 2017-м году провёл хороший сезон за медельинский "Индепендьенте", забивал 16 голов в 36-ти матчах. В январе 2018-го года его арендовал аргентинский "Ривер Плейт", в составе которого Хуану удалось стать обладателем Суперкубка Аргентины.

За национальную сборную Колумбии Хуан Кинтеро дебютировал 17 октября 2012 года в товарищеском матче со сборной Камеруна (3:0). В 2013-м году великолепно проявил себя на триумфальном для колумбийцев молодёжном чемпионате Южной Америки, забив 5 голов в девяти матчах. А затем в том же году обратил на себя внимание многих европейских клубов на молодёжном чемпионате мира. Его даже сравнивали с Лионелем Месси, пророча большое будущее. Тем не менее в полной мере эти надежды не оправдались. В 2014-м году Кинтеро сыграл на чемпионате мира в Бразилии, забив 1 гол в трёх матчах. В отборочном цикле к чемпионату мира 2018 не сыграл ни одного матча, тем не менее был включён в итоговую заявку и поехал со сборной на мундиаль в Россию.